Descubridor y conquistador, nacido en Cuenca, entre 1466 y 1470, fue protegido del obispo Juan Rodríguez de Fonseca por cuya mediación logró embarcarse a finales de 1493 con Cristóbal Colón.
En la isla de La Española, Colón le encargó dominar a uno de los caciques más conflictivo (Canoabo) de origen caribe, que reinaba en la zona central de la isla, y donde estaban las minas de Cibao cerca del río Yuqui. Ojeda logró presentarse ante el cacique, ganar su confianza y apresarlo, dirigiéndose posteriormente en ayuda de Pedro Margarit, que se encontraba en el fuerte de Santo Tomas, donde derrotó a un numeroso ejército de indígenas, dando muestras de su valentía en el combate. De regreso a España, en 1499 y tras un cambio en la política Indiana se firmaron una serie de capitulaciones en las que no se tenía en cuenta a Cristóbal Colón, siendo el primero Ojeda en inaugurar los llamados Viajes Andaluces. La primera expedición de Alonso de Ojeda zarpa el 20 de mayo de 1499 desde Sanlúcar de Barrameda.
Le acompañaban en este viaje de exploración Juan de la Cosa y Américo Vespucio, siendo Ojeda y de la Cosa grandes conocedores de las rutas seguidas en anteriores viajes con Colón, lo que les permitió recorrer la costa de las Perlas, isla Margarita, gran parte de la costa venezolana llegando a la península de la Guajira (Colombia), siendo el primero en llegar a estas tierras, regresó a Sanlúcar en 1500 resultando poco rentable la expedición.
Para una nueva expedición a la misma zona, Ojeda firmó una nueva capitulación, formando compañía con Juan de Vergara y García de Campos, fletando cuatro carabelas, zarpando de Sanlúcar en 1500-1501, llegó a la isla Margarita, Coro y Maracaibo, cometería algunos excesos en este viaje con los indígenas de la zona, por lo que fue encarcelado. El 13 de febrero de 1502 volvería a embarcar en la expedición de Nicolás de Ovando que se dirigía a Santo Domingo como nuevo gobernador, partiendo de Sanlúcar. En 1509 recibió el nombramiento de gobernador de Urabá, que le llevó su lugarteniente Juan de la Cosa, partió de inmediato de La Española hacia Cartagena, pero volvió a fracasar en esta expedición, perdiendo la vida Juan de la Cosa en un enfrentamiento con los indígenas, tras este fracaso Alonso de Ojeda volvió a Santo Domingo, donde murió pobre y desengañado.