Navegante y cartógrafo de origen genovés, adelantado de las indias y brazo derecho de su hermano Cristóbal Colón, nació en Génova, probablemente a mitad del siglo XV. Enterado del descubrimiento de las indias por su hermano Cristóbal, este entonces se dirigió con rapidez a España, llegando a Andalucía a finales de 1493. A su llegada no encontró a su hermano que había partido para su segundo viaje, sin embargo, tras recoger unas instrucciones que le había dejado, en abril de 1494 partía de Sanlúcar de Barrameda capitaneando tres navíos con provisiones y refuerzos hacia la isla de la Española llegando a la Isabela, la primera villa fundada en la costa norte.

Ayudó a combatir las primeras sublevaciones de los españoles contra el gobierno de los Colón y la de los indígenas, levantados en armas, en la Española, fundó en 1496, la ciudad de Santo Domingo, futura capital de las Indias. El 22 de julio de 1497, los Reyes Católicos le reconocieron sus servicios nombrándole adelantado de las Indias.
Mantuvo el cargo de gobernador de la isla en ausencia de su hermano (1496-1498), haciendo frente a la sublevación de Francisco Roldán. En agosto de 1500, hacía su entrada en el puerto de Santo Domingo el juez enviado por los Reyes, Francisco de Bobadilla, Bartolomé fue llamado a la capital Santo Domingo, una vez allí, fue apresado y enviado a España encadenado, junto con sus hermanos Cristóbal y Diego Colón. Después de esta dura experiencia, Bartolomé no tuvo deseos de participar en nuevos viajes, sin embargo, colaboró en el cuarto viaje colombino llegando a Sanlúcar en abril de 1502 para recoger y embarcar a su hermano Cristóbal.

Colón escribiría después, “Gran dolor era el mío porque lo truje contra su grado”. En abril de 1506, portando una carta de su hermano moribundo, acudió a La Coruña a recibir a los nuevos Reyes Juana y Felipe, la repentina muerte de este último y la retirada del rey Fernando el Católico a sus estados italianos provocaron el viaje a Nápoles, donde se encontraba el monarca. El 3 de junio de 1509, partió nuevamente de Sanlúcar de Barrameda, con la flota que condujo al nuevo gobernador de las Indias, su sobrino Diego Colón. Este, a los pocos días de llegar, encargó a su tío preparar una expedición a Cuba, lo que desató las suspicacias del Rey y su orden determinante de que el adelantado acudiera sin tardanza a la corte. Bartolomé regresó a España presentándose ante el monarca, después de algunas explicaciones, y dejar un codicilo en la Cartuja de las Cuevas de Sevilla, en el que dejaba un importante legado a una hija, volvió de nuevo a La Española, en 1512 desde Sanlúcar, fue su último viaje al Nuevo Mundo, moriría en Santo Domingo en 1514.