Marino, geógrafo y cartógrafo, nació en Sevilla a finales del siglo XV. En 1509 se encontraba en Santo Domingo, estando en la isla de La Española había echo dinero, cuando Alonso de Ojeda le propuso realizar una expedición a Urabá (Colombia), nombrándole Alcalde Mayor.

Estando los españoles sitiados por los indígenas en la fortaleza de San Sebastián, Alonso de Ojeda fue a socorrerles, sus compañeros de expedición, viendo que no volvía, se marcharon en dos navíos, uno se hundió, el otro al mando de Francisco Pizarro, se refugió en Cartagena de Indias.

Fernández de Enciso regresó junto con Vasco Núñez de Balboa, llevando armas, caballos y alimentos, prosiguiendo viaje con los soldados encontrados, fundó Santa María la Antigua del Darién. Posteriormente se alzó Núñez de Balboa, y acusó a Fernández de Enciso, de haber usurpado su jurisdicción, quitándole los bienes. Enciso volvió a España en 1512 para quejarse ante el Rey, regresando a América en la expedición de Pedro Arias Dávila, el11 de abril de 1514 desde Sanlúcar, con el cargo de Alguacil Mayor.

No se supo nada de el hasta 1519, en que apareció publicada en Sevilla, la obra que le dio celebridad; La Summa de geografía, que trata de todas las partidas y provincias del mundo y en especial de las indias…, esta obra proporcionó a los marinos de la época la información geográfica y astronómica necesarias para la navegación hacia el Nuevo Mundo, moriría en Sevilla en 1528.